第二十一集
蒯贺荪害怕了，将刘锡彤送给他的四万两银票退还到陈鲁那里，辞去了监审不说，还表示要将杨乃武一案的详情上报朝廷。
陈鲁急忙找杨昌浚商量如何处理蒯贺荪的事情，以防蒯贺荪抢先来找杨昌浚，使得杨昌浚卒不急防。
杨淑英从北京告状回到余杭，只见杨妻已久病在床，气息奄奄了。杨妻得知北京将杨乃武的案子发回浙江重审后，悄然地离开了人世……
蒯贺荪果然来找杨昌浚，提出要严审杨案，如有错误，就要改正。可是杨昌浚坚持原判，并责怪蒯贺荪在关键时侯不刻退缩。杨昌浚见蒯如此固执已见，便要陈鲁安排人除掉蒯贺荪这个祸根。
锡光大摆京官的派头，派人来杭州知府安排食宿，陈鲁虽然有气，但还是一一照办。可最难办的是，锡光不用知府大堂审案，而是要用带有大堂的公馆来审案，陈鲁只好让刘锡彤满杭州城找锡光所要的公馆。
刘锡彤费了九牛二虎之办算是找到了锡光所要求的公馆，可公馆里已被一名广东富商住着，刘锡彤亲自登门劝说那位富商让出了公馆……
蒯贺荪在文庙烧香时，被陈鲁派的刺客杀死在大殿里……
这时的翁同龢已派自己的亲侄子，刑部浙江司的司员翁曾桂到浙江密查杨乃武的案子，翁曾桂在庙里发现蒯贺荪被杀，急写信通告了翁同龢。
锡光重审杨乃武案，引起杭州的关注，刘子和急忙带着葛三姑、周紫燕到杭州旁听审案……
锡光竟要亲审重要人证钱坦，这下子刘锡彤和陈竹山慌了，但也只好把钱坦带到杭州，让锡光亲审……
第二十二集
自以为是的锡光，不用重衙门大堂审案不说，还张贴告示让民众旁听，气得杨昌浚七窍生烟……
杨昌浚要陈鲁将蒯贺荪遇刺，刺客当场被官兵杀的折子上报朝廷……
锡光升堂审案……
堂外旁听的人里有刘子和、葛三姑、周紫燕、还有翁曾桂……
侯审时，杨乃武与小白菜竟被关在一间屋子里，两个人在这样的场合见面了，小白菜从杨乃武口中得知他的确没有害死葛小大，小白菜后悔万分，后悔不但让杨丢了功名，还要丢性命……
杨乃武要小白菜一定要当堂翻供，替他洗清不白之冤……
小白菜流泪地说有她的不白之冤谁替她洗啊！
锡光审小白菜时，小白菜果然翻供，可是她供出的奸夫却是钱坦，因为她恨钱坦在她的茶里放药害她失身刘子和。
杨乃武以为自己这下子可以平反出狱了，在狱中与狱卒喝酒庆贺……
刘锡彤来到狱中，见了小白菜，要她不能翻供，更不能招供出刘子和。然后又去见了钱坦，问他如何对付小白菜咬他是奸夫的事，钱坦得意地说到时升堂审案时，他自有办法对付小白菜……
翁同龢得知蒯贺荪被杀，急忙找慈禧，认为朝廷应派人去监审，否则杨昌浚只会维持原判。
可是慈禧偏偏让杨昌浚独自去监审杨案……
翁同龢在与夏同善商量杨案时，终于明白了慈禧的用意之深，慈禧实际是想让杨乃武一案牵涉的官员越多越好……
第二十三集
再次升堂审案时锡光便要小白菜与钱坦当堂对质，并以案情涉及隐私而不许民众旁听。钱坦提出当堂验正他的身体，锡光亲验之后，发现钱坦是因患过梅毒，不可能当奸夫，小白菜的翻供不攻自破了。锡光认为小白菜胡乱咬人，连她正常的申诉也认为是假话了，便维持原判，而且还将钱坦收进了大狱。
同治皇帝驾崩，光绪即位，慈禧正式垂帘听政，杨乃武的案子拖进了新朝。
大丧期一过，刑部便开始审核案子，杨乃武案首当其冲。翁同龢认为咨解浙江重审的结论仍然疑点重重，他与夏中堂商议让言官王昕给慈禧上奏折，要求浙江重审此案。
杨淑英只得再次进京告状……
正当陈丹请慈禧派大员前往浙江审理杨案时，王昕的奏折也送到了，同样提出要朝廷派大员前往浙江审理杨案，只有这样才能避免官官相护，才能真正审清此案……
于是慈禧将翁同龢等人召到宫中，询问他们的意见，双方争论半天后，慈禧下旨派学政大人做为钦差到浙江重审杨案。翁同龢他们也呆了，因为学政大人从未审过案子，这不明白是用糊涂官去打糊涂百姓？
第二十四集
做为钦差的胡瑞澜到了浙江，在与杨昌浚的商议时，也误认为慈禧派他来浙江审案，其用意就是想维持原判，保全浙江官员的职务。但是胡学政并不敢随意马虎审案，还是认真地组织了陪审的官员。
陈丹来到巡抚大牢，要狱卒保证杨乃武和小白菜的生命安全，狱卒告诉他刑部也来了一个人，要他保证人犯安全。
陈丹追寻刑部的人到了酒馆，一看原是翁曾桂。陈丹离开浙江回京，认为浙江有翁曾桂，就放心了。
钱坦还关在巡抚大狱，刘锡彤和陈竹山最担心的就是钦差审钱坦，钱坦很可能会道出实情，那就麻烦了。陈竹山告诉刘锡彤，只有叫钦差审不着钱坦，才能一劳永逸。
刘锡彤亲自来到大狱，对钱坦一番威胁后，又叫狱卒查收了余杭县给钱坦的谕单，钱坦没了救命草，想前思后，最终在狱中上吊自杀了。
刘子和摸进大狱见到小白菜，要她在钦差审案时一定翻供，小白菜决不同意再诬陷杨乃武，刘子和一气之下，就要小白菜干脆招供他才是奸夫算了……
第二十五集
刘锡彤他们发现到大狱里来的翁曾桂是刑部的人，而且并不是慈禧亲派来的，于是派杀手晚上去客栈刺杀翁曾桂，不巧的是翁曾桂正与住在同一客栈的刘子和在下棋，在刘子和的出手相救下，杀手没能杀着翁曾桂，刘子和却挨了一剑。翁曾桂在不知刘子和真实身份情况下，说刘子和到了京城，只要有事相求，翁曾桂定会全力相助。
杨淑英到北京住进了夏中堂家，准备再次递状子为杨乃武喊冤。夏中堂告诉她，朝廷已派钦差到浙江重审杨案，杨乃武快有出头之日了。杨淑英不再相信官场会替杨乃武平反了。
翁曾桂得知重要人证钱坦自杀了，感到事情的严重性，决定着手保护其它重要人证
钦差审案时，得知钱坦已死，便只看了钱坦的证词就通过了。接着对杨乃武和小白菜采用熬审的办法，一连几天几夜不让杨乃武和小白菜睡觉，这比动用任何刑具还要厉害十分，杨乃武和小白菜一要睡觉，便用香火将他们熏醒……
翁同龢得知钦差在钱坦已死的情况下还坚持审案，便知道事情不妙了……联合夏中堂要去见慈禧，刚好慈禧召他们进宫……慈禧一面因人证的死大发脾气，一面要翁同龢他们相信钦差能审清杨案……
杨乃武终于熬不住而招供了……
第二十六集
小白菜却死不肯招供，一味翻供……
陈鲁派的人没有杀着翁曾桂，便要他们再去，但翁曾桂已和刘子和逃离了客栈……
钦差不仅维持了原判，而且还亲笔写招册，一一批驳杨乃武诉状中的露洞……
酒宴上，杨昌浚骄狂十分，感谢钦差胡瑞澜维持原判……
刘子和的母亲要刘子和把妻子从娘家接回来，因为钦差都维持原判，小白菜不可能有活命的希望了，但刘子和还是不死心，也不去接妻子回家……
翁曾桂住进了周正的客栈，从他嘴中更了解到杨乃武一案的确有冤情存在。
而胡瑞澜给朝廷的维持原判的折子到了慈禧手中，慈禧并不要钦差回京复命……
当翁同龢与夏同善知道钦差维持原判后，决定一定要说服慈禧让刑部亲审此案……
慈禧连下两道谕旨，要钦差说明案子里的疑点……
翁曾桂到了余杭了解案情，遇到了刘子和，才知刘是知县刘锡彤的儿子……
刑部在皂保的坚持决定驳议再审，而胡瑞澜给朝廷的复奏却是要求另派大员来审……一下子出给了慈禧一道难题！
第二十七集
翁曾桂发现数次审案中，都没有审葛小大的妹妹葛三姑这么重要的人证，便动手将葛三姑从家骗到了周正的客栈里保护起来了。
当翁同龢与宝鋆在慈禧那里为刑部亲审一事争论时，宝鋆提出刑部从没有亲审过下面判决过的案子，翁同龢便找出刑部有过审案的前例，但慈禧仍未支持翁同龢的要求。夏同善情急之下，找了十八位在京的浙江籍京官连名上书给朝廷，要刑部再审杨乃武一案。不料慈禧大怒，一下子革掉了十八名京官的顶子，要他们以平民的身份上书。
翁同龢找到恭亲王，向他晓以利害，要他力主由刑部亲审杨案……
杨昌浚等浙江官员也以为慈禧是想将案子不了了之……
第二十八集
恭亲王在慈禧面前提出让刑部亲审杨案，可慈禧说人家都没到刑部告状，审个什么呀。夏同善着杨乃武的姐姐就要到刑部告状了，慈禧说那就让杨淑英滚钉板告状，翁同龢提出滚钉板告状已经取消很多年了，可慈禧说这次就是要恢复一次！
杨淑英得知要滚钉板才能递状子，一咬牙答应下来……
杨淑英不但不穿厚衣服反而穿单薄的衣服滚钉板。刑部大门前，她滚得浑身是血将状子递到了刑部大堂，而翁同龢、宝鋆、恭亲王等在场观看着……
慈禧见时机已到，便下旨让杨昌浚将案卷人犯押到刑部，由刑部亲审杨乃武一案……
第二十九集
刘锡彤发现葛小大棺材不见了，刘子和妻子也在娘家自杀了。
刘家乱做一团……
刘子和要进京……
刘子和的母亲受惊吓而疯……
翁曾桂将杨乃武小白菜称过体重，用胶封住头发，押往北京……
杨昌浚感到事情不妙了，与陈鲁商议如何处置刘锡彤，陈鲁说蒯贺荪能死，刘锡彤也能死掉！
刘锡彤则准备进京找他的乡榜同年宝鋆活动刑部审案的事情……
陈鲁派去杀刘锡彤的人，却被疯了刘氏发现，杀手被老道的刘锡彤杀掉后，并将杀手的尸体送到了陈鲁的府上……
刑部决定由翁同龢的侄子和林则徐的孙子林拱枢主审杨乃武一案……
刑部开审，杨乃武翻案，小白菜也一口咬定葛小大是因逃赌债自杀的……
刘子和旁听了审案后，去找刘锡彤，要他出面到宝鋆面前替小白菜说情……
第三十集
刘锡彤拒绝了儿子帮小白菜说情的要求，刘子和决定去找翁曾桂帮忙，因为他毕竟救过翁曾桂一命！
翁曾桂审葛三姑时，发现了重大疑点，那就是做证卖砒霜的钱宝生竟然叫钱坦，杨乃武买砒霜一事，完全是原审一手制造的伪证！
刘子和找到翁曾桂后，又要求他救小白菜一命，又不敢透露出自己与小白菜真实的关系……
宝鋆答应帮刘锡彤后，找到刑部，要他们可以为杨乃武平反，但不能将案全部翻过来，如全盘翻案，就会给慈禧打击地方实力派的把柄！
皂保按宝鋆的要求，让翁曾桂他们三天之内结案！必须找到真正的奸夫！
翁曾桂再次升堂审案时，将杨乃武与小白菜判了死罪。
翁曾桂又特地安排了一场密室相会，让杨乃武与小白菜临死前相见，同时安排翁同龢、宝鋆、恭亲王等人在隔壁偷听。
密室相会中，杨乃武一定要小白菜说出谁是真正的奸夫。小白菜最终说出了刘子和才是真正的奸夫。
第三十一集
慈禧问翁同龢刑车是不是开始走动了？翁同龢急得直求慈禧下旨。
刘子和疯了的母亲看见翁曾桂抓走了儿子…
刘子和被翁曾桂带到了刑部囚车停侯处，他与已在囚车里的小白菜生离死别，都以为自己就要被冤死……
囚车分别押着刘子和与小白菜朝菜市口刑场走去，这时慈禧刀下留人的谕旨到了，刘子和与小白菜得新被押回了大狱……
刑部审刘子和时，刘子和将此案前后一一招供，他母亲刚好来到大堂，听到开棺相验的事时，脱口说出仵作用来探喉的银针没有用皂角水洗……
这又是此案重大疑点！
于是提解仵作，包括刘锡彤到堂询问和将葛小大棺材运到北京，由刑部开棺相验，被翁曾桂他们提了出来…
皂保和宝鋆极力反对，但是都被翁同龢他们抵了回去，而且找了刑部开棺相验的前例。
翁曾桂亲自到浙江提解葛小大的棺材，并要浙江官员陪同他一起挖葛小大的棺材，在原处没挖着，陈竹山还得意洋洋时，翁曾桂一指不远处，官兵们很快将葛小大的棺材挖了出来，原来是翁曾桂早有所备，将葛小大的棺材移了地方。陈竹山顿时失色……
刑部重新审问陈竹山、沈彩泉等重要人证人犯……
并要将刘锡彤也提到刑部大堂来询问……
第三十二集（大结局）
刘锡彤依仗着自己与宝鋆是乡榜同年，在刑部大堂上气焰了得。但翁曾桂很快用严厉的手段将刘锡彤的气焰打了下去……
北京海会寺前，人山人海，葛小大的棺材就在众人面前开棺相验了，结果大出人所料，葛小大并非中毒而死！
杨乃武小白菜一案终于真相大白于天下。
在翁曾桂的安排下，小白菜与刘子和在狱中见了面，小白菜就要平反出狱了，而刘子和却因诱奸罪，被判了流放……小白菜不恋红尘，万念俱灭了。
刘子和流着泪，强装欢笑……
杨案平反了，宝鋆等人认为适可而止了，但翁同龢执意不肯，定要慈禧借此追究所有官员的渎职罪！
翁同龢让王昕再次给朝廷上了奏折，讲明了地方实力派大有朋比之势的利害……
慈禧见打击地方实力派的时机到了，完全可以利用杨乃武一案，来杀一批浙江官员，让全国各地的都督们看看，以儆效优！
上百名官员跪在大殿前，被一一摘去了官顶子……
刘子和走上了流放之路……
小白菜看破了红尘，慧定法师取代了她现在的名字……
一桩晚清时期耸动朝野的奇冤之案就这样落幕了！